W XVI stuleciu południowi sąsiedzi coraz częściej napadali na ziemie podolskie. Winnicki zamek nie był już w stanie zmieścić wszystkich, kto chciał się w nim ukryć. W 1541 roku Tatarzy okrutnie splądrowali okolice miasta i zabrali ze sobą „do jasyru” dużo niewolników, których, co prawda, udało się wojskom koronnym odbić. Reagując na skargi miejscowych starostów, król Zygmunt I skierował do Winnicy swojego sekretarza Lwa Tyszkiewicza, który w opisie zamku z 1545 roku dokładnie napisał tak: „Winnicki zamek jest bardzo mały i drzewem cienkim robiony, ściany całe w dziurach. Nie wiem, gdzie by indzie tak prosto zamek robiony był, jako ten tutejszy: ani ludziom podczas obrony od nawalnego wroga nie ma gdzie się schować i obronę trzymać, ale nawet bydło boją się zamknąć”.
Bronili zamku trzy armatki – „działa spiżane” dwie jedenastocalowe, trzecia – dziesięciocalowa z kulami do nich, rozmiarem jak gęsie jajo. Załoga miała na uzbrojeniu dwadzieścia hakownic i trzydzieści dziewięć arkabuzów. Ale z obsługą tych trzech dział musiało sobie radzić tylko dwie osoby! Jak nie wspomnieć tu prastary dowcip o armatniej strzelaninie: „Jak załadowano, jak wystrzelono, to tylko swoich dwadzieścia poległo, a co już tam wrogów!”. Stan zamku w latach pokojowego zacisza też nie był najlepszy – od stałego kontaktu z ziemią drewniane ściany gniły.
W 1558 roku wybudowano nową fortecę w Winnicy, na nieprzystępnych ziemnych wałach wysepki Kępa (w czasach ZSRS nazywanej Festywalną). Tą wyspę dziś można zobaczyć o prawej stronie od centralnego mostu przez Bug. Drugi zamek też był drewniany, i w 1580 roku został spalony przez Tatarów. W ogniu zginęły wszystkie akta miejskie wraz z zapisanymi w nich przywilejami i bez tego skromnych mieszczan.
Mieszkańcy Winnicy w XVI wieku często burzyli się przeciwko starostom. Na przykład w 1541 roku miejska biedota wybrała swojego wójta Pałagienkę, straconego potem przez oddział karny.
W 1598 roku do Winnicy przeniesiono z Bracławia wszystkie instytucje wojewódzkie. Stała się ona wtedy stolicą Bracławszczyzny bowiem Bracław jeszcze częściej poddawał się napadom Tatarów, poza tym niespokojna Zaporoska Sicz znajdowała się do tego miasta znacznie bliżej. Nadanie Winnicy rangi miasta wojewódzkiego uwarunkowało następny etap rozwoju miasta – zabudowę prawego brzegu Bohu (Bugu). Nowe miejsce zamku, który zajął najważniejsze miejsce w strukturze miasta, uformowało planowanie sieci ulic Prawobrzeża, łączących się przed mostem przy wyspie zamkowej. Ten schemat ulic pozostał do dziś.
W 1610 roku starosta bracławski Walenty Kalinowski ofiarował trzydzieści tysięcy złotych i dwie wsie na cele klasztora jezuitów, którzy osiedlili się w Winnicy. Wybudowali oni duży kościół, kolegium (szkołę), konwikt (internat) ogrodziwszy je grubymi ceglanymi murami z wieżami po kątach. Zespół klasztorny rozłożył się w górnej części prawego brzegu. Widoczny z daleka, dominował on nad rzeką.
Mury (tak do dziś nazywają tą część miasta) swego czasu sprawiały mocne wrażenie dzięki solidności wykonania robót i grubości ścian. W 1621 roku w Winnicy pojawili się Dominikanie. Starosta winnicki Jan Odrżywolski udostępnił im miejsce w Murach i znaczne finanse na rozwój. Dominikanie wybudowali klasztor. W Winnicy był również i prawosławny żeński monastyr ale jego znaczenie dla rozwoju miasta było znacznie mniej znaczące.
Winniccy mieszczanie domagali się większych uprawnień i w 1640 roku król Władysław IV ponownie nadał miastu prawo magdeburskie (poprzednie dokumenty zginęły w pożarze). Odnowiono Sąd Magdeburski, oraz tryb wyborów do miejscowych władz samorządowych.
7 lipca 1648 roku powstańcy na czele z samozwańczym pułkownikiem Maksymem Krywonosem zajmują Winnicę. W pierwszej kolejności wskutek tego napadu ucierpiały kościoły i urzędy. W listopadzie 1649 roku w mieście zatrzymuje się na krótko Bogdan Chmielnicki, wracając z wojskiem spod Zborowa po podpisaniu rozejmu, według którego Winnicę włączono do listy miast, gdzie hetman trzymał swój garnizon.
Na początku 1651 roku polskie wojska wróciły na Podole. Do rzeki Boh zbliżał się koronny hetman Marcin Kalinowski. 11 marca jego dwudziestotysięczna awangarda pojawiła się pod miastem. W Winnicy wtedy stacjonowały trzy tysiące kozaków pod wodzą Iwana Bohuna.
Zamierzając z zaskoczenia zdobyć miasto, dowódca awangardy Lanckoroński rzucił do boju z kozakami skrzydlatą husarię. Polacy ustawili się w kształcie półksiężyca i zaczęli otaczać niewielki oddział rebeliantów. Nagle powstańcy skierowały się ku rzece, „półksiężyc”, który przekształcił się w długą kolumnę, pomknął za nimi. Udając uciekających w panice do ścian klasztoru, Kozacy zwabili Polaków na lód Bohu, gdzie zawczasu były przygotowane i przysypane słomą i śniegiem pułapki (wywiercone otwory). Część żołnierzy trafiła w te pułapki i została zabita przez kozaków. Ale Polacy, w tym samy dniu, otrząsnąwszy się od porażki, przystąpili do oblężenia. Szlacheckie wojsko kilka razy próbowało odbić Mury, za którymi chowali się buntownicy. Na trzeci dzień Bohun zdecydował się na desperacki krok – rzucił się z Kozakami do boju i szybko był rozpoznany przez Polaków po jaśniejącym napierśniku. Ze wszystkich stron do niego rzucili się żołnierze wojska koronnego – jeden uderzył Bohuna po głowie buławą, inni zawisły na rękach i nogach, starając się ściągnąć go z siodła. Lecz Bohun (taki opis podaje w swojej książce Dymitr Małakow), wyróżniający się nadzwyczajną siłą, zdołał odeprzeć atak, wyrwał się i poskakał w stronę prawego brzegu lecz… trafił w jedną z własnych pułapek lodowych. Tym razem koń Bohuna zdołał wydostać się z lodowatej wody a na drugi dzień Bohun znów był w boju. „Zaczarowany harakternik” – nazywały go zarówno Kozacy, tak i Polacy. Wkrótce przyszła wieść, że na pomoc osadzonym Chmielnicki wysłał humański pułk Josypa Głucha i połtawski pułk Martyna Puszkaria. Polskie wojska zdecydowały się odejść, lecz Kozacy dogoniły ich pod jakuszynieckim lasem i zadali Wojsku Koronnemu dość poważnych strat.
Ale wreszcie rebelia kozacka się skończyła i na zrujnowanym przez wojnę Podolu w skomplikowanej politycznej sytuacji po śmierci Chmielnickiego, pod władzą Polski i Turcji minęło XVII stulecie, z pamiątek którego ocalały tylko budowle w Murach.
Na skrzyżowaniu współczesnych ulic Wołodarskiego i Osypenki zachowała się część oryginalnych ścian klasztoru z narożną wieżą (1610 -1617), złożonych z dużej czerwonej cegły na granitowej podstawie. Surową siłą i nieprzystępnością wieje od wysokich, z lekka pochylonych do środka podwórza ścian – murów. Szereg malutkich kwadratowych otworów (bojniczek), cienki pasek toskańskiego fryzu spływają na ściany z masywnej narożnej wieży, równej im po wysokości. Forma jej przypomina ogromny dzwon, tyle że z ścianami w kształcie prostokąta. Podobny chwyt wzmacnia plastyczność obrazu tego ciekawego pomnika wczesnego baroku.
Taka sama surowa masywność jest właściwa wyglądowi i samego kościoła jezuitów (1610-1617), chociaż z czasem w wyglądzie zewnętrznym nastąpiło dużo zmian po rujnacjach, pożarach i przebudowaniach. Ta „ociężała” budowla stoi obrócona frontem do ulicy Sobornej. Nawet teraz była ostoja katolicyzmu na Podolu (dziś obwodowe archiwum) przyciąga wzrok swoją masywnością. Trzy nefy, cokół kondygnacji, krzyżowe sklepienia. Nawie głównej wtóruje na froncie ryzalit z czterema pilastrami toskańskiego orderu, podpierającymi trójkątny fronton.
Kompozycyjna konstrukcja fasady podpowiada o możliwości wcześniejszego istnienia dwóch narożnych wież. Parapet na ich miejscu, jak i okienne otwory i sandryki na froncie, pojawił się na rubieży XIX – XX wieków. Wtedy przy planowaniu ulicy i przycinaniu gruntu obnażył się cokół i trzeba było dorobić ażurowe schody z metalu, stylistycznie cudze fasadzie.
Do przeciwległej części kościoła, z boku chóru, czyli ołtarzowej części, domyka wyciągnięty w głąb podwórza klasztor. Wielokrotne przebudowy, odnawiania, częsta zmiana gospodarzy budowli byłego klasztoru jezuitów pozwalają tylko domyślać się o byłym wyglądzie budowli. Zbudowany równolegle do linie brzegu, klasztor obniżał się do poziomu rzeki – o tym przypominają trzy ogromne oparcia (kontroforsy) z ogromnych belek, które podpierają równiutkie białe ściany pomiędzy malutkimi, bez obramowań oknami. Prymitywna grubość tych oparć jest nieco upiększona dużą kaplicą, dobudowanej do tejże wschodniej ściany kościoła. Kaplica różni się od kościoła bardziej ożywionym wyglądem, chociaż częściowo utraconym za ostatnie trzy stulecia. Ładnie wyglądają ozdobne, szczegółowo dopracowane obramowania wnęk – fałszywych okien. Lecz i tu widoczne są ślady nieudanych renowacji – płaskie frontony, podcięte kapitele i bazy pilastrów zniekształciły wyrazistość byłego wyglądu. A jak pięknie i malowniczo wyglądała wysoki dach z czerwonej dachówki!
Niestety, ten charakterystyczny detal nie był odnowiony po renowacjach także na piętrowym skrzydle klasztornego korpusu, występującym jako dobudowanie do podwórza z zachodniej strony kościoła. Jego przednia część jest udekorowana z powściągliwą świetnością wczesnego baroku: wysoki dwukondygnacyjny fronton z półokrągłym zakończeniem, wnęki i uproszczone wazy po krajach, charakterystyczne o barokowych proporcjach okna w obramowaniach z uszkami, bielizna tynku.
Równolegle z korpusem byłego kościoła jezuitów, powyżej od zbocza, znajduje się długa niepokaźna jednopiętrowa budowla, gdzie znajdowały się cele braci zakonnych.
Redakcja, przy napisaniu wykorzystano materiały z ksiązki Dmytra Małakhowa „Bracławszczyzna”, bwp
