Początek misji jezuickiej w Winnicy datuje się na 1613 rok. Wkrótce po pożarze, który spalił znaczną część miasta zakonnicy opuścili miasto, ale niedługo starosta winnicki zafundował zakonnikom dom misyjny.
W roku 1619 misja została zamieniona na rezydencję, w roku 1630 przy rezydencji powstała szkoła. W roku 1642 rezydencja została zamieniona na kolegium jezuickie, znane na terenie całego Podola i Bracławszczyzny. Podczas powstania Chmielnickiego kolegium zostało doszczętnie zburzone i dopiero w 1703 roku odrodził go o. Tomasz Załęski. W r. 1739 został wybudowany kościół i kolegium jezuickie.
W roku 1773 zakon Jezuitów został skasowany. Parafią zaczęli się opiekować Dominikanie, pięć lat później kościół bardzo ucierpiał od pożaru. Po trzecim rozbiorze Polski władze rosyjskie zamienili go na magazyn wojskowy. W roku 1907 pomieszczenie kościoła zostało adaptowane pod gimnazjum, w rezultacie czego zmieniono główną fasadę. W latach 1918-1930 kościół wykorzystywano jako cerkiew „Światłokazańską” Ukraińskiej Autokefalicznej Cerkwi Prawosławnej. W latach 1930 – 1936 do chwili zamknięcia należał on do Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. Podczas okupacji autokefaliści znów otworzyli cerkiew „Światłokazańską”, w roku 1947 r. ponownie ją zamknięto. Budynek wykorzystywano jako salę gimnastyczną klubu sportowego „Dynamo”.
Dziś były klasztor, kościół i kolegium jezuickie zajmują Obwodowe Archiwum Państwowe i Obwodowe Muzeum Krajoznawcze.
Na podstawie informacji pallotyni.kiev.ua, 05.09.15 r.
Kościół i kolegium jezuickie na szkicu Napoleona Ordy. Druga połowa XIX w.
Obecny stan kościoła Jezuitów w Winnicy. Znajduje się tutaj Archiwum Obwodowe
