W 1866 roku proboszcz berdyczowskiego Sanktuarium o. Salezy Martusiewicz został zamordowany we własnej celi. Po tej tragedii do Berdyczowa w trybie pilnym przybywa generał-gubernator kijowski, podolski i wołyński, dowódca wojsk Kijowskiego Okręgu Wojskowego Aleksander Bezak, który wykorzystał to wydarzenie jako pretekst do zamknięcia klasztoru karmelitów bosych. Odpowiednie rozporządzenie generał-gubernator wydaje 17 września tegoż roku. Pomieszczenia klasztorne, ziemie i zakłady przemysłowe, należące do Sanktuarium, zostały skonfiskowane.
Od 1867 roku kilka pomieszczeń klasztornych zajmują miejskie i powiatowe urzędy publiczne. Zabudowania, wykorzystywane przez kościelny kler były w normalnym stanie i składały się z 11 pokoi, kilka z których zajmował proboszcz, a w innych mieszkała służba, wikariusz, organista. Jeszcze w jednym mieściła się kancelaria parafialna, a w oddzielnym pokoju mieszkał dozorca. Dwa pozostałe pokoje były przeznaczone dla kapłanów, przyjeżdżających na wielkie święta kościelne. Poza tym sama twierdza z powodu braku należytej opieki popadała w ruinę.
W latach 1871 – 1881 kościół wyremontowano za pieniądze parafian, nie zmieniając wyglądu i elewacji. Od 1889 roku berdyczowscy katolicy prowadzą korespondencję z carskim rządem w sprawie zwrotu byłego klasztoru. Jesienią 1904 roku w czasie wizyty naczelnika kraju Nikołaja Klejgelsa w Berdyczowie, kler katolicki wnioskował o zwrot dzwonnicy klasztorowi. Prośba została rozpatrzona pozytywnie. Po wydaniu zezwolenia od najwyższej instancji 15 sierpnia 1904 roku wieża-dzwonnica została zwrócona katolikom.
W roku 1901 członek towarzystwa archeologicznego A. Palibin przedstawił raport o stanie klasztoru i kościoła, który został sporządzony po ich oględzinach. Ogólne wnioski jakie się wyłoniły – wszystkie budynki znajdują się w stanie opłakanym zarówno zewnątrz, jak i wewnątrz.
W 1909 roku proboszczem parafii Matki Bożej Szkaplerznej zostaje o. Dionizy Bączkowski, który podjął intensywną działalność na rzecz odzyskania klasztoru parafii rzymskokatolickiej. Kapłan sporządził dokładny opis stanu świątyni z załączeniem zdjęć, na których dobrze widoczne są liczne zniszczenia i uszkodzenia budynków. Walcząc o prawdę, ojciec Dionizy sześć razy był w Petersburgu, trzydzieści w Kijowie; sprawa przeszła przez 32 instancji, jednak na urzędników nic nie wywarło żadnego wpływu.
Mimo obojętności władz wobec stanu klasztoru, pielgrzymi z Berdyczowa i okolic nadal czczą obraz Matki Bożej, który pozostaje w jego murach. 9 stycznia 1913 roku Papież Pius X (Giuseppe Melchiore Sarto) w Rzymie, na prośbę ojca Antoniego Gruszczyńskiego, następnego proboszcza pokarmelitańskiego kościoła, odradzając tradycje dawnego klasztoru karmelitów bosych, nadał możliwość otrzymania odpustu zupełnego pielgrzymom, którzy przybywali do obrazu Matki Bożej w Berdyczowie.
Dopiero w roku 1917 kościół karmelitów zwrócono wiernym, a od 1918 ojcowie-karmelici ponownie zaopiekowali się dawną świątynią.
W 1919 roku w wieży umieszczono punkt dowodzenia wojsk bolszewickich na czele ze Szczorsem i po raz kolejny świątynia zamieniła się na twierdzę wojskową.
Pod koniec 1925 roku w Berdyczowie pojawił się pomysł założenia nowego muzeum. Archeolog i krajoznawca Teodozy Mołczanowski zaproponował, aby wykorzystać budynki dawnego klasztoru karmelitów bosych, któremu w tamtych czasach groziło zniszczenie, dla umieszczenia w nich tego muzeum. T. Mołczanowski przygotował gruntowne informacje o wartości historyczno-kulturalnej budynków karmelitańskiego klasztoru, przekonał okręgowy komitet wykonawczy by umieścić w nich obiekt turystyczny. Komitet zgodził się na jego propozycję i postanowił, że: „[…] klasztor karmelitów bosych wraz z przyległym terenem, kościołem, pomieszczeniami mieszkalnymi i majątkiem uważać należy za podlegający zdecydowanej ochronie ze strony okręgowego inspektoratu edukacji narodowej”.
W roku 1926 umiera o. Terezjusz Sztobryn, opiekujący się kościołem. 10 kwietnia 1927 roku pracownicy berdyczowskiego oddziału Państwowego Zarządu Politycznego aresztowali ojca Romana Jankowskiego, który mieszkał w klasztorze i pomagał w pracy duszpasterskiej duszpasterzom z kościoła Świętej Barbary (księdza oskarżono o organizowanie nielegalnego przekraczania granicy ukraińsko-polskiej w latach 1920-1927 oraz o agitację antysowiecką oraz propolską a także – religijną propagandę i inne przestępstwa polityczne). Ze względu na te wydarzenia władze komunistyczne skonfiskowali Sanktuarium, przekazując je „narodowi”. Już w listopadzie otworzono tutaj muzeum społeczno-historyczne, które w imieniu komitetu wykonawczego ogłoszono muzeum imienia Feliksa Dzierżyńskiego – radzieckiego działacza państwowego, „Czerwonego Kata”, rewolucjonisty, który zmarł w Moskwie w lipcu tegoż roku. Muzeum zaś wraz ze stworzonym w dniu 8 marca 1928 roku rezerwatem należało do największych muzeów Ukrainy.
Muzeum zostało rozlokowane w pięciu pokojach i dwóch korytarzach skrzydła celi klasztornych. Ekspozycja obejmowała również tzw. zakrystię Tyszkiewicza z malowidłami na tematy historyczne z życia klasztoru oraz wejście do jego podziemia. Wśród eksponatów muzeum był również obraz Matki Bożej Berdyczowskiej… co prawda bez ryz i koron, które jeszcze przed kilkoma laty zostały skonfiskowane przez władze. Zaopiekować się nim przed wystawieniem w muzeum zarządził ojciec Bronisław Jarosiński. Odnowił go na swój sposób, umocował kawałki farby i podkładu tam, gdzie dawni i współcześni złodzieje zrywali korony, oraz dokładnie opisał kompozycję, kolory i symbolikę ikony.
Podstawowa działalności rezerwatu miała charakter antyreligijny. Za jego główny cel uważano całkowity zakaz życia religijnego na terenie klasztoru – zamknięcie działającego Sanktuarium Maryjnego i dalsze jego przekazanie rezerwatowi.
Pomieszczenia dolnego kościoła od roku 1929 wykorzystywano jako salę kinową, gdzie wyświetlano antyreligijne filmy naukowe i filmy dla dzieci. W latach 1928-1929 rezerwat odwiedziło około 25 tysięcy mieszkańców Berdyczowa i okolicy.
Spore zbiory posiadał oddział archeologii, liczący 2600 eksponatów, oraz oddział etnograficzny – 700-812 eksponatów. Galeria sztuki zawierała 405-415 dzieł, wśród których były płótna dawnych europejskich artystów. Znane eksponaty muzealne obliczano osobno. Do tej kategorii należało 25 obrazów, 20 tkanin, wyroby ze srebra, starodruki, rękopisy, zdjęcia, dokumenty – 200 sztuk. Ozdób z wykopalisk – 600 przedmiotów oraz 75 oryginalnych eksponatów archeologicznych. Do znanych eksponatów zaliczono również 120 tkanin, 20 dywanów i koronek, ikon malowanych i haftowanych – 12, rękopisów, dokumentów i zdjęć – 45.
Obraz Matki Bożej Berdyczowskiej zdobiły złote i srebrne wota oraz haftowane ryzy, które były wyrazem wdzięczności za otrzymane łaski. Zachowany przed niebezpieczeństwem podczas powstania kozackiego, trzy razy koronowany obraz zginął w lipcu 1941 roku. Stało się to w czasie pożaru, który pochłonął Sanktuarium w przededniu przybycia niemieckich wojsk do Berdyczowa (jak mówią świadkowie wydarzeń, m. in. pracownik rezerwatu malarz Stefan Sławow, odbyło się to 10 lipca, w trzecim dniu okupacji). Wg innej wersji, obraz ocalał i trafił do Polski, do zbiorów prywatnych. W pierwszych dniach okupacji najeźdźcy zaczęli wywozić eksponaty i kosztowności. Teren zespołu klasztornego wykorzystywano jako getto żydowskie, tutaj znalazło się miejsce egzekucji i bratnia mogiła jeńców wojskowych i ludności cywilnej.
W czasie drugiej wojny światowej twierdza i klasztor były już prawie doszczętnie zdewastowane. Kościół zniszczono w 40 %, wszystkie eksponaty muzealne i kosztowności zrabowano, z powodu poważnych zniszczeń budynki już nie nadawały się do renowacji…
Irena Rudnicka, na podstawie opracowania „Sanktuarium Matki Bożej Szkaplerznej w Berdyczowie” (Wydawnictwo Ojców Karmelitów Bosych) oraz książki „Z historii Berdyczowa w XVI-XVIII w.” autorstwa L. Tymoszenko.; KZ
